- Epimys maerens Miller, 1911

- Epimys mara Miller, 1913

- Epimys neglectus lamucotanus Lyon, 1911

- Epimys rattus pauper Miller, 1913

- Epimys rattus viclana Miller, 1913

- Epimys roa Miller, 1913

- Epimys tingius Miller, 1913

- Epimys tua Miller, 1913

- Mus jalorensis Bonhote, 1903

- Mus jarak Bonhote, 1905

- Mus julianus Miller, 1903

- Mus rattus rhionis Thomas & Wroughton, 1909

- Mus rattus rumpia Robinson & Kloss, 1911

- Mus siantanicus Miller, 1900

- Mus tambelanicus Miller, 1900

- Rattus rattus ambersoni Schwarz & Schwarz, 1967

- Rattus rattus banguei Chasen & Kloss, 1932

- Rattus rattus batin Robinson, 1916

- Rattus rattus delirius Sody, 1941

- Rattus rattus generatius Sody, 1941